Sakura merupakan puteri Negara Clow, yang diperintah oleh abangnya, Raja Tōya. Rakan dari kecilnya Syaoran ialah seorang ahli kaji purba muda. Sakura didedahkan mempunyai kuasa aneh apabila dia mendapat bayangan simbol misteri dan tempat yang tidak pernah dilihat olehnya. Sementara itu, Syaoran terjumpa simbol yang serupa pada puing tapak cari galinya. Dia nampak Sakura berdiri di atas simbol atas tanah. Sayap kabur kelihatan dibelakangnya dan kuasa ganjil mula membawanya ke dalam dinding puing. Syaoran berjaya menyelamatkannya tepat pada masanya, tetapi sayapnya bertaburan menyeberangi dimensi. Paderi Besar Negara Clow, Yukito, serta merta menyedari bahawa 'sayap' Sakura merupakan manifastasi jiwa dan ingatannya; tanpa sayapnya dia akan mati. Untuk menyelamatkan Sakura, Syaoran mesti mengembara bagi mendapatkan kembali ingatan Sakura.

Yukito menghantar Syaoran dan Sakura yang tidak sedar kepada Ahli Sihir Ruang-Masa (Time-Space Witch), Yūko (salah satu watak utama dalam xxxHOLiC). Di sana, dia berjumpa dengan Kurogane, ninja yang kasar dan biadap, disingkirkan dari dunianya oleh Puteri Tomoyo, dan Fay D. Flourite (sebagaimana dieja dalam panduan rasmi CLAMP atau "Fai" sebagaimana diterjemah oleh Del Rey), ahli sihir yang melarikan dirinya dari dunianya bagi mengelakkan Raja Ashura. Setiap mereka perlu membayar pampasan dengan sesuatu yang paling berharga bagi dirinya untuk mendapatkan kuasa menyeberangi dimensi. Bagi Kurogane, dia dikehendaki memberikan pedangnya, Ginryu; bagi Fay pula, ialah tatu di belakangnya yang membenarkannya mengawal sihirnya (Fay kemudiannya mendedahkan bahawa dia masih memiliki kuasa sihir, tetapi telah bersumpah tidak akan menggunakannya tanpa tatu di belakangnya). Syaoran pula, dia mesti membayarnya dengan hubungan nya dengan Sakura: walaupun dia berupaya mendapatkan semula kesemua ingatan Sakura, Sakura tidak akan ingat apa-apa tentang Syaoran dan hubungan mereka berdua (Pengorbanan ini juga membiayai pampasan Sakura kepada Yūko, kerana apa yang dinilai tinggi oleh Sakura ialah ingatannya tentang dan hubungannya dengan Syaoran). Setelah ketiga-tiganya setuju dengan syarat-syaratnya, Yūko menghadiahkan mereka dengan kuasa menyeberangi dimensi; iaitu seekor makhluk putih bernama Mokona Modoki.

Sememtara mengembara pelbagai dunia untuk mencari bulu pelepah Sakura, keempat pengembara dan Mokona terpaksa mengatasi pelbagai cabaran dan musuh, salah satunya ialah watak dari masa lalu Syaoran yang ingin mengumpulkan bulu pelepah Sakura untuk sebab mereka yang tersendiri sebagaimana bulu pelepah Sakura dilihat sebagai objek yang mengandungi kuasa sakti yang besar.

Perhatikan bahawa oleh sebab terdapat perselisihan watak dengan xxxHOLiC, sebahagian isi plot antara kedua-dua manga sering berjalin antara satu sama lain.